协同创新院采用法人治理结构，实行理事会领导下的院长负责制，设立战略发展顾问委员会与专家委员会。组织架构划分为8个序列，分别由6个业务部门(基础研究与技术研发业务系统、成果转化与孵化业务系统、人才培养与评价业务系统、公共服务业务系统、国际交流合作业务系统、趋势研究与发布系统)和3个服务支持部门(运营支持系统、平台研发系统、职能系统)组成。下设8个中心，分别是设计驱动品牌中心、陶瓷设计大数据与趋势中心、日用陶瓷标准化研究中心、知识产权服务中心、产业政策研究与咨询中心、新媒体销售中心、全球陶瓷工业设计供应链管理中心、3D打印与三维数字化中心。